COVID-19 Data Analysis

Tasso di Positività

Calcolo del Tasso di Positività.

Max Pierini, Sandra Mazzoli, Alessio Pamovio

Pubblicazioni:

Il Tasso di Positività PP (dall'inglese Percent Positive) è calcolato come nuovi test positivi sul totale dei nuovi test effettuati, è quindi una percentuale che indica quanti, tra i test (tamponi) effettuati giornalmente, sono risultati positivi rispetto al totale dei soggetti testati. Può essere considerato come un indice della trasmissione delle malattie infettive ed è estesamente usato per stimarne l'incidenza (quantità di nuovi casi in un determinato lasso di tempo). Se è maggiore della soglia di allarme, indica anche che il numero di test effettuati non è sufficiente ad individuare tutti i nuovi casi giornalieri ed è quindi necessario sottoporre più persone ai test. La "soglia di allarme" per PP (area rossa nel grafico) di COVID-19 è stata stabilita al 5% . L'Organizzazione Mondiale della Sanità ha, per esempio, raccomandato di rilassare gli interventi non farmacologici (lockdown, distanziamento sociale, ecc) per COVID-19 solo dopo che il PP sia stato osservato al di sotto della soglia di allarme per almeno due settimane.

Come gruppo di studio e analisi dei dati COVID-19, abbiamo ritenuto opportuno aggiungere una "soglia di allerta" al 3% (area gialla nel grafico): se il PP aumenta al di sopra del 3% mostrando un andamento in crescita si può supporre un prossimo verosimile scenario di allarme.

Questi indici aiutano nel definire il quadro della situazione epidemiologica, la sua verosimile prossima evoluzione e influenzano le decisioni politiche, sociali ed economiche.

Ad esempio, un $R_t$ sopra 1 unito ad un PP maggiore del 5%, sono fortemente indicativi di una grave situazione che necessita al più presto di interventi politici, sociali e medici. Al contrario un $R_t$ minore di 1 e un PP al di sotto della soglia di allerta mostrano una situazione in via di risoluzione.

N.B. abbiamo scelto di calcolare il PP usando i nuovi casi testati (soggetti mai testati prima) anziché i nuovi tamponi totali, comprendendo i tamponi totali anche i test ripetuti (controllo e follow-up) su pazienti già risultati positivi in precedenza

I dati grezzi sono

  • filtrati con Hampel filter, finestra gaussiana di 7 giorni, $\sigma=2$ per isolare gli outliers dal trend
  • smussati con media mobile, finestra gaussiana di 14 giorni, $\sigma=5$ per evidenziare il trend

Italia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-20 17:00:00 12.401916 12.401916 11.211286
2020-10-19 17:00:00 14.186315 14.186315 10.862472
2020-10-18 17:00:00 12.249618 12.249618 10.534577
2020-10-17 17:00:00 10.573331 10.573331 10.175548
2020-10-16 17:00:00 10.833099 10.833099 9.809215
2020-10-15 17:00:00 8.934262 8.934262 9.428523
2020-10-14 17:00:00 8.369767 8.369767 8.976049

Regioni

Abruzzo

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-20 17:00:00 10.233593 10.233593 10.399893
2020-10-19 17:00:00 11.839166 11.839166 10.261475
2020-10-18 17:00:00 10.940594 10.940594 9.962258
2020-10-17 17:00:00 9.284818 9.284818 9.735453
2020-10-16 17:00:00 8.286778 11.615008 9.478168
2020-10-15 17:00:00 10.712401 10.712401 9.195367
2020-10-14 17:00:00 8.848315 8.848315 8.780643

Basilicata

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-20 17:00:00 1.538462 1.538462 3.248073
2020-10-19 17:00:00 5.405405 2.231237 3.122528
2020-10-18 17:00:00 5.052632 5.052632 2.993848
2020-10-17 17:00:00 5.121294 5.121294 2.874246
2020-10-16 17:00:00 5.107527 5.107527 2.748420
2020-10-15 17:00:00 3.752535 3.752535 2.631224
2020-10-14 17:00:00 0.929752 0.929752 2.505992

Calabria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-20 17:00:00 3.794913 3.794913 3.522685
2020-10-19 17:00:00 7.317073 7.317073 3.474841
2020-10-18 17:00:00 3.309291 3.309291 3.352473
2020-10-17 17:00:00 3.136470 3.136470 3.243132
2020-10-16 17:00:00 3.698332 3.698332 3.112334
2020-10-15 17:00:00 1.992846 1.992846 2.956949
2020-10-14 17:00:00 2.464066 2.464066 2.782556

Campania

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-20 17:00:00 15.169384 15.169384 12.816613
2020-10-19 17:00:00 16.147998 16.147998 12.566723
2020-10-18 17:00:00 13.948302 13.948302 12.147648
2020-10-17 17:00:00 12.340277 12.340277 11.753995
2020-10-16 17:00:00 11.115029 11.115029 11.428292
2020-10-15 17:00:00 10.156813 10.156813 11.104287
2020-10-14 17:00:00 10.114999 10.114999 10.783068

Emilia-Romagna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-20 17:00:00 9.381939 9.381939 9.404348
2020-10-19 17:00:00 14.345114 14.345114 9.241276
2020-10-18 17:00:00 8.804821 8.804821 9.077147
2020-10-17 17:00:00 11.120749 11.120749 8.850396
2020-10-16 17:00:00 9.324649 9.324649 8.567936
2020-10-15 17:00:00 7.040721 7.040721 8.163867
2020-10-14 17:00:00 4.319572 6.074724 7.806900

Friuli Venezia Giulia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-20 17:00:00 10.746514 10.746514 9.852616
2020-10-19 17:00:00 13.910355 13.910355 9.478172
2020-10-18 17:00:00 14.622642 14.622642 9.344995
2020-10-17 17:00:00 11.337407 11.337407 8.955572
2020-10-16 17:00:00 9.723041 9.723041 8.751943
2020-10-15 17:00:00 6.595538 6.595538 8.324622
2020-10-14 17:00:00 7.407407 7.407407 7.851450

Lazio

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-20 17:00:00 8.185101 8.185101 6.559433
2020-10-19 17:00:00 7.425860 7.425860 6.275269
2020-10-18 17:00:00 6.861005 6.861005 6.036292
2020-10-17 17:00:00 4.297635 7.860815 5.791943
2020-10-16 17:00:00 4.908923 4.908923 5.552499
2020-10-15 17:00:00 4.837527 4.837527 5.314750
2020-10-14 17:00:00 4.918033 4.918033 5.095363

Liguria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-20 17:00:00 28.352610 13.738668 20.103623
2020-10-19 17:00:00 35.032538 35.032538 19.619736
2020-10-18 17:00:00 24.198823 24.198823 19.670720
2020-10-17 17:00:00 21.531323 21.531323 19.171196
2020-10-16 17:00:00 23.722628 23.722628 18.754954
2020-10-15 17:00:00 18.477331 18.477331 18.008736
2020-10-14 17:00:00 17.779961 17.779961 17.315166

Lombardia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-20 17:00:00 14.788012 14.788012 12.432430
2020-10-19 17:00:00 17.062810 9.489790 12.180739
2020-10-18 17:00:00 14.673967 14.673967 12.006056
2020-10-17 17:00:00 14.985656 14.985656 11.704843
2020-10-16 17:00:00 12.834253 12.834253 11.272156
2020-10-15 17:00:00 10.173245 10.173245 10.837593
2020-10-14 17:00:00 10.026643 10.026643 10.252174

Marche

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-20 17:00:00 9.748083 9.748083 9.424537
2020-10-19 17:00:00 14.121037 14.121037 9.373341
2020-10-18 17:00:00 12.274368 6.708785 9.235715
2020-10-17 17:00:00 9.909910 9.909910 9.054323
2020-10-16 17:00:00 9.655751 9.655751 8.764045
2020-10-15 17:00:00 9.648518 9.648518 8.512831
2020-10-14 17:00:00 9.341587 9.341587 8.198996

Molise

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-20 17:00:00 5.439331 5.439331 5.373553
2020-10-19 17:00:00 5.163043 5.163043 5.241097
2020-10-18 17:00:00 2.681231 5.113636 5.286129
2020-10-17 17:00:00 6.863780 5.142857 5.142353
2020-10-16 17:00:00 3.954802 3.954802 5.002342
2020-10-15 17:00:00 3.318584 5.714286 4.794800
2020-10-14 17:00:00 5.056180 5.056180 4.530733

P.A. Bolzano

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-20 17:00:00 20.591133 20.591133 14.998386
2020-10-19 17:00:00 10.841837 10.841837 14.627569
2020-10-18 17:00:00 17.082917 17.082917 14.241624
2020-10-17 17:00:00 16.298633 16.298633 13.774143
2020-10-16 17:00:00 11.840888 11.840888 13.381796
2020-10-15 17:00:00 10.913140 10.913140 12.693875
2020-10-14 17:00:00 17.366947 17.366947 12.089606

P.A. Trento

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-20 17:00:00 32.413793 32.413793 15.560992
2020-10-19 17:00:00 27.335640 27.335640 15.558262
2020-10-18 17:00:00 16.551724 16.551724 14.632259
2020-10-17 17:00:00 13.804714 13.804714 13.761634
2020-10-16 17:00:00 18.137255 8.006536 13.065615
2020-10-15 17:00:00 15.816327 15.816327 12.314167
2020-10-14 17:00:00 5.078809 5.078809 11.714076

Piemonte

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-20 17:00:00 17.758555 17.758555 17.326513
2020-10-19 17:00:00 15.225196 15.225196 16.985946
2020-10-18 17:00:00 16.322674 16.322674 16.491292
2020-10-17 17:00:00 21.255194 21.255194 16.011098
2020-10-16 17:00:00 20.732323 20.732323 15.656220
2020-10-15 17:00:00 13.579598 13.579598 15.203835
2020-10-14 17:00:00 25.240263 25.240263 14.666714

Puglia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-20 17:00:00 6.598076 6.598076 8.931480
2020-10-19 17:00:00 15.300286 15.300286 8.592726
2020-10-18 17:00:00 14.346997 14.346997 8.338287
2020-10-17 17:00:00 9.618027 9.618027 8.023568
2020-10-16 17:00:00 7.819136 7.819136 7.787789
2020-10-15 17:00:00 7.152797 7.152797 7.602336
2020-10-14 17:00:00 9.090909 9.090909 7.370434

Sardegna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-20 17:00:00 12.243767 12.243767 7.682208
2020-10-19 17:00:00 7.740993 7.740993 7.647482
2020-10-18 17:00:00 12.150026 7.923930 7.657757
2020-10-17 17:00:00 4.765396 6.670087 7.664233
2020-10-16 17:00:00 6.487805 6.487805 7.580400
2020-10-15 17:00:00 7.808564 5.625525 7.561317
2020-10-14 17:00:00 6.259620 6.259620 7.501143

Sicilia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-20 17:00:00 10.375994 10.375994 9.581052
2020-10-19 17:00:00 18.054863 7.803406 9.365947
2020-10-18 17:00:00 12.356257 12.356257 9.144613
2020-10-17 17:00:00 9.335692 9.335692 8.880436
2020-10-16 17:00:00 11.123941 11.123941 8.586437
2020-10-15 17:00:00 8.600992 8.600992 8.262826
2020-10-14 17:00:00 8.329540 8.329540 7.943153

Toscana

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-20 17:00:00 11.034108 11.034108 10.444510
2020-10-19 17:00:00 13.736417 13.736417 10.182587
2020-10-18 17:00:00 10.087963 10.087963 9.824745
2020-10-17 17:00:00 9.533623 11.681063 9.502103
2020-10-16 17:00:00 10.033223 10.033223 9.172872
2020-10-15 17:00:00 7.374032 7.374032 8.821837
2020-10-14 17:00:00 7.765024 7.765024 8.423083

Umbria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-20 17:00:00 9.056956 9.056956 9.373664
2020-10-19 17:00:00 27.110390 8.494405 9.179556
2020-10-18 17:00:00 17.937466 9.901262 9.072362
2020-10-17 17:00:00 9.990253 9.990253 9.045480
2020-10-16 17:00:00 13.561644 13.561644 9.011018
2020-10-15 17:00:00 13.377416 7.680570 8.859707
2020-10-14 17:00:00 7.106855 7.106855 8.667137

Valle d'Aosta

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-20 17:00:00 43.604651 43.604651 35.110132
2020-10-19 17:00:00 53.784861 53.784861 33.833124
2020-10-18 17:00:00 28.627451 28.627451 31.976642
2020-10-17 17:00:00 31.075697 31.075697 30.869532
2020-10-16 17:00:00 25.233645 25.233645 29.483225
2020-10-15 17:00:00 29.130435 29.130435 27.808097
2020-10-14 17:00:00 27.205882 27.205882 26.014084

Veneto

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2020-10-20 17:00:00 15.521064 15.521064 16.066705
2020-10-19 17:00:00 25.730395 25.730395 15.679470
2020-10-18 17:00:00 21.396095 21.396095 15.070300
2020-10-17 17:00:00 16.702633 16.702633 14.449425
2020-10-16 17:00:00 30.890742 30.890742 13.923846
2020-10-15 17:00:00 8.291874 8.291874 13.176979
2020-10-14 17:00:00 8.025898 8.025898 12.303239

SOMMARIO

Ultimo PP

PP grezzo PP filtrato PP smussato
regione
Abruzzo 10.233593 10.233593 10.399893
Basilicata 1.538462 1.538462 3.248073
Calabria 3.794913 3.794913 3.522685
Campania 15.169384 15.169384 12.816613
Emilia-Romagna 9.381939 9.381939 9.404348
Friuli Venezia Giulia 10.746514 10.746514 9.852616
Lazio 8.185101 8.185101 6.559433
Liguria 28.352610 13.738668 20.103623
Lombardia 14.788012 14.788012 12.432430
Marche 9.748083 9.748083 9.424537
Molise 5.439331 5.439331 5.373553
P.A. Bolzano 20.591133 20.591133 14.998386
P.A. Trento 32.413793 32.413793 15.560992
Piemonte 17.758555 17.758555 17.326513
Puglia 6.598076 6.598076 8.931480
Sardegna 12.243767 12.243767 7.682208
Sicilia 10.375994 10.375994 9.581052
Toscana 11.034108 11.034108 10.444510
Umbria 9.056956 9.056956 9.373664
Valle d'Aosta 43.604651 43.604651 35.110132
Veneto 15.521064 15.521064 16.066705

© 2020 Max Pierini. Thanks to Sandra Mazzoli & Alessio Pamovio

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